Nasce come cappella di proprietà di una benefica istituzione laicale, il Monte dei Morti. Gran parte   delle notizie storiche non riguardano tanto la cappella, quanto proprio questo sodalizio filantropico, nato con lo scopo di andare incontro ai ceti più deboli del paese, che vi ricorrevano per chiedere prestiti. Si presume che la fondazione dell’Istituzione risalga ai primi decenni del 1600, a cura dei coniugi Benedetto de Benedictis e Faustina Santamaria. Marito e moglie, nel 1647,  donarono al principe Cesare Miroballo e a suo figlio Giuseppe la Chiesa del Monte dei Morti con tutte le rendite: censi, fitti di case, di orti, di terreni, di oliveti e di fosse. Il Monte dei Morti, nel tempo, continuò ad acquisire diverse proprietà, le cui rendite venivano impiegate per i fini caritativi della fondazione e che aveva destato l’interesse dell’Università. 

Quest’ultima tentò, nel corso del XVIII secolo, di impadronirsi dei beni del Monte, che restò indipendente dalla autorità locale e sempre più legata alla casa baronale che provvide al mantenimento e all’incremento dell’istituzione. A seguito del Concordato tra la Santa Sede ed il Re di Napoli, nel 1741 i beni ecclesiastici furono tracciati in un catasto e nel 1859 la Legge Piemontese dispose la nascita, in ogni Comune, delle Congregazioni di Carità. Queste continuarono ad amministrare i beni dei poveri fino al 1937, quando tutto il loro patrimonio fu trasferito agli enti comunali. Così cessò l’Istituzione filantropica di Pomarico.